在2009年的奥迪杯比赛中穆勒两球横扫曼联，拜仁锁定欧冠半决赛，穆勒两球横扫曼联，拜仁锁定欧冠半决赛他在拜仁对AC米兰的比赛打入两球穆勒两球横扫曼联，拜仁锁定欧冠半决赛，这场比赛拜仁以41获胜2009年9月12日，在拜仁慕尼黑客场挑战多特蒙德队的德甲比赛中，中场休息后替补登场的托马斯·穆勒在第78分钟攻入其个人的德甲首球，并最终梅开二度帮助球队以51横扫对手
